当得了真菌性食管炎会导致食管处多种不适，真菌性食管炎的临床症状多不典型。部分病人可以无任何临床症状。常见症状是吞咽疼痛、吞咽困难、上腹不适、胸骨后疼痛和烧灼感。重者胸骨后呈刀割样绞痛，可放射至背部，酷似心绞痛。念珠菌性食管炎可发生严重出血，但不常见。未经治疗的病人可有上皮脱落穿孔，甚至播散性。